La Ciudadela de Machu Picchu está dividido en dos grandes sectores uno urbano y otro agrícola, separados por una gran muralla que desciende por la ladera del cerro y el llamado Foso Seco, ubicado junto a esta. Ambos sectores a su vez están divididos, en cruce, en dos partes Hanan (alto) y Urin (bajo).
El sector urbano de la Ciudadela de Machu Picchu según el Plan Maestro del Santuario, fue diseñado de la misma forma que la ciudad del Cusco con cuatro calles transversales y cuatro longitudinales que delimitan catorce grupos de casas, siete en el barrio alto donde se encuentra la mayor parte de construcciones ceremoniales y siete de abajo. En total, todo el conjunto ocupa un área de veinte mil metros cuadrados. Se estima que 1200 personas pudieron haber vivido en Machu Picchu.
Como todas las ciudades incas, la planificación de la Ciudadela de Machu Picchu pasaba por delimitar tipos de construcción y funciones, basándose en la dicotomía Hanan y Urin (alto y bajo). En Machu Picchu se construyo respetando totalmente ciertas grandes rocas que una vez integradas al conjunto, adquirían funciones sacras, un ejemplo se puede apreciar en el llamado Templo del Cóndor.
Muy poca información existe sobre la antigüedad de Machu Picchu. Los arqueólogos descubrieron que la ciudad fue un lugar religioso de peregrinaje, construida en el siglo XV y principios del XVI y probablemente nunca fue terminada. Puede ser que su obra haya sido interrumpida por la invasión española o la guerra civil justo antes de la conquista entre Atahualpa y Huáscar.
Huayna Picchu (montaña joven) también puede ser visitada existe un camino que nos lleva hasta la cima de esta montaña, una escalada de aproximadamente 40 minutos, que requiere tener una buena condición física y cuidar sus pasos. Desde la cima se puede apreciar la forma de la ciudadela de Machu Picchu como si fuera un enorme cóndor volando hacia el oeste. En la cima del Huayna Picchu se puede ver algunas construcciones y terraplenes, subiendo a Huayna Picchu se visita el Templo de la Luna, conocido como el único Templo aun intacto. Los terremotos desgraciadamente destruyeron la mayoría de los templos ubicados sobre Huayna Picchu.